Поводом для вторжения SR-71 непосредственно в воздушное пространство Кубы послужила информация, полученная от средств космической разведки о выгрузке в порту Гаваны истребителей МиГ-23 Американцы подозревали, что Кастро получил не только перехватчики, но истребители-бомбардировщики МиГ-23БН или МиГ-27, способные нести ядерное оружие. Появление на Кубе ударных самолетов нарушало договоренность Кеннеди и Хрущева о недопущении размещения на Кубе наступательных систем оружия. Информация о МиГах вызвала большую тревогу на Капитолийском холме, где 16 ноября 1978 г. было принято решение о проведении разведывательных полетов с целью уточнения полученной информации. "Черные птицы" дважды летали над островом, сделанные ими фотографии подтвердили частные и официальные заявления представителей Советского Союза о том, что на Кубу направлены только перехватчики МиГ-23. Тем не менее, SR лишний раз продемонстрировал свои возможности.

Следующая серия полетов разведчиков над Кубой связана с попытками сорвать переговоры по сокращению наступательных вооружений США и СССР. В августе 1979 г., в преддверии ратификации в Сенате договора ОСВ-1, появились данные, полученные якобы от спутников, об увеличении советского военного присутствия на Кубе. Информацию космической разведки вновь проверили SR-71, полеты выполнялись 28 и 29 сентября. На фотографиях лагеря в окрестностях Гаваны дешифровальщики насчитали 3000 человек личного состава и сорок танков - серьезная угроза территории США! Президент Картер верно оценил информацию об усилении военной активности Советского Союза на Кубе как провокацию и выступил по американскому телевидению с успокоительным заявлением. Определенной уступкой "ястребам" стало разрешение на проведение еще одного полета разведчика в воздушном пространстве Кубы.

Своеобразно отметили американцы 22-ю годовщину высадки контрреволюционеров на Плайя-Хирон: при проведении учений "Солид Шилд-83" вооруженных сил США в центрально-американском регионе 26 апреля 1983 г. стратегический разведчик прошел над заливом Кочинос.

Революция в Никарагуа обозначила новую цель для стратегических разведчиков. Поводом для проведения разведки, как и в случае с первыми полетами над Кубой, стали данные о поступлении в Никарагуа советских истребителей, на сей раз - МиГ-21. Представители Даниэля Ортеги категорически опровергли эту информацию, заявив, что в контейнерах из СССР прибыли "мирные" вертолеты Ми-8. Американцы не поверили или не захотели поверить: первый раз  SR-71  прошел над Никарагуа 7 ноября 1984 г., второй полет был выполнен 11 числа того же месяца. Полученная информация оказалась не столь однозначной, как в случае с кубинскими Мигами, по крайней мере, споры о том, есть ли в Никарагуа МиГ-21, не прекратились, хотя их накал и пошел на спад.

В средствах массовой информации неоднократно появлялись сообщения о полетах SR-71 над Фолклендскими островами во время англо-аргентинского конфликта, якобы полученная информация передавалась британцам Однако министерство обороны США официально заявило, что никакие американские самолеты-разведчики в зоне вооруженного конфликта в период боевых действий не появлялись.

Порой стратегические разведчики использовались исключительно в мирных целях. Так, в 1975 г. экипаж разведчика произвел фотосъемку района Аляски в окрестностях Анкориджа, где пропал самолет Цессна-310, на борту которого находился сенатор Хэл Боггз. Правда, самолет так и не был найден. 18 мая 1980 г. два  SR-71  отсняли район извержения вулкана Сент-Хелен, чем значительно облегчили проведение спасательных работ в штатах Айдахо, Вашингтон, Монтана и Орегон.